La Malaisie possède un climat équatorial avec des influences maritimes. Le pays connaît deux périodes de mousson. Résultat : il n'y a pas de véritable saison sèche, il fait très chaud (sauf dans les stations d'altitude) et humide pratiquement toute l'année. En revanche, l'eau est à température quasi constante, entre 26 et 29 oC.
- La mousson du nord-est (mousson d'hiver) : elle domine de novembre à février et apporte les pluies de façon très soutenue sur la côte est de la péninsule et sur les régions côtières du Sabah et du Sarawak. Elle arrose aussi le centre et la côte ouest, mais de manière nettement moins marquée.
- La mousson du sud-ouest (mousson d'été) : elle domine d'août à novembre et balaie la côte ouest mais avec des pluies moins abondantes que celles de la mousson d'hiver sur la côte est. Elle est souvent accompagnée de « coups de Sumatra » (vents violents).