Pour circuler en Estonie la voiture reste le meilleur moyen. Les routes sont bonnes, la circulation légère et les distances relativement courtes. Les principales agences de location sont situées à Tallinn. Hormis pour les ressortissants de l'Union européenne (qui ont juste besoin d'un permis de conduire en règle), les conducteurs étrangers doivent être en possession d'un permis de conduire international.

Vous pourrez aussi emprunter les transports en commun tels que trains et de bus. Ils sont peu être moins rapides que la voiture mais ils sont très efficaces.
En ville, il est possible de circuler grâce aux nombreux bus et tramways, bien qu'ils soient souvent horriblement bondés. Les taxis sont tout aussi nombreux et bon marché.

Le relief étant très plat, le vélo peut aussi se prêter agréablement, du moins en été, à la découverte du pays et, plus particulièrement, des îles.

Enfin, circuler par la voie des aires vous reviendra cher. Les vols domestiques assurés par Baltic Aeroservis, relie Tallinn aux îles de Kuressaare et Kärdla. Vous trouverez également des charters circulant entre Tartu et Tallinn.