L’avion en Indonésie est meilleur marché qu’en Europe. Pour bénéficier des meilleurs prix, mieux vaut toujours acheter son billet le plus tôt possible. Les principales compagnies sont Garuda ( compagnie nationale), Air Asia, Lion Air, Merpati ,Adam Air, Batavia, Sriwijaya, Airefata, Jatayu, ….

Le train reste tout de même la meilleure formule pour voyager. À Java, les lignes de chemin de fer relient les principales villes.

Le bateau, est aussi une bonne solution pour relier les différentes villes. Il existe 2 grandes compagnie compagnie maritime, la Pelni Line, qui dessert presque toutes les îles du pays et Pelni.

Le bus, sillonnent les grandes îles, avec plusieurs compagnies. Il existe les bus ekonomi, qui prennent des voyageurs n'importe où sur le trajet, et les bus patas qui sont des express avec air conditionné.

La moto est la solution idéale depuis longtemps à Bali et au pays toraja (Sulawesi). Le port du casque est obligatoire. Pour les petites cylindrées (scooters et autres), on ne vous demandera, pas de permis mais au-delà de 125 cc, il vous faudra produire un permis moto (à faire valider « permis international » avant votre départ).

Toujours dans le domaine du deux roues, la bicyclette est aussi une solution bien que les collines et les montagnes en font toutefois un moyen de transport très limité. Par contre la location est très abordable.

Le Taxi est assez bon marché. Exigez toujours le fonctionnement du compteur, quand il y en a un. « Compteur » se dit argometer.

Les Minibus, bemo, oplet et autres mikrolet sont des moyens de transport utilisé à l’intérieur des villes et autour.

Dans les villes, les minibus et bemo sont souvent difficiles à utiliser car on ne sait pas bien où ils vont. Le mieux est de se rendre au terminal où vous n'aurez qu'à prononcer le nom de votre destination pour qu'on vous indique le bon minibus. Ceux-ci ne démarrent que lorsqu'ils sont pleins.

Les Dokar, cidomo et andong sont des charrettes ou bien des fiacres tirés par des chevaux. Le dokar a deux roues et l'andong quatre. Le cidomo est un dokar où des roues de voiture ont remplacé les traditionnelles roues en bois. C'est un moyen de transport très pittoresque, mais lent.

Becak (prononcer « betchak ») est un cyclopousse à trois roues, décoré de peintures naïves. Le conducteur, juché sur sa selle, peut transporter plusieurs personnes. Mais ils sont interdits à la circulation dans le centre des villes. C’est à Jogyakarta qu’on les utilisera le plus. Toujours marchander le prix.

Le Bajaj (prononcer « badjadj ») est un vespas-taxis surtout répandus à Jakarta. Mais le centre de la capitale leur étant interdit dans la journée.

Enfin la location de voiture reste la meilleure solution, si vous avez les moyens (compter environ 30 € par jour avec chauffeur). Par contre l'essence est bon marché, mais il n’y a pas de stations-services partout, prévoyez donc un jerrican si vous voulez vous rendre dans les petits coins perdus.