Afin de circuler au Japon, vous pourrez emprunter le train. C’est le moyen le plus pratique et le plus économique pour voyager à l’intérieur du Japon. À l’arrivée dans les gares des bus, des funiculaires (en montagne). Les billets s’achètent à des distributeurs automatiques ou bien à des guichets à bande verte (Midori-no-madoguchi) situés à côté de ces derniers.

Il existe les trains du réseau JR (Japan Railway), avec 6 compagnies ferroviaires qui couvrent la totalité du pays. Des lignes privées, quasiment au même prix et le Train Shinkansen (train à grande vitesse japonais) qui propose des liaisons très rapides et nombreuses entre les principales villes du Japon.

Ensuite, l’avion avec pass aérien pour les deux principales compagnies Japan Airlines et Ana . Il permet d’effectuer jusqu’à 5 trajets pour un prix unitaire de 12 600 yens le trajet soit la moitié du prix normal. Il doit être acheté à l’étranger en même temps qu’un billet international à destination du Japon.

Vous pourrez aussi circuler par la route en louant une voiture. Mais faites-le de préférence en dehors des grandes villes. Attention, la conduite est à gauche. Les panneaux sont à 95 % traduits en alphabet latin et les routes sont dans un bon état général.
Le permis de conduire international n’est pas reconnu ici. Vous devez obtenir une traduction de votre permis français (remise immédiate, environ 2 500 yens) auprès des services consulaires français au Japon ou de la Japan Automobile Federation (tél. : 03-3578-1471).

Vous pourrez aussi prendre le bus. Essentiellement pour rejoindre des campagnes plus reculées ou effectuer des trajets de nuit, plus fatigants qu’en train mais moins chers.

Pour ce qui est de circuler dans le centre des grandes villes, le métro reste le moyend e transport le plus rapide et le plus économique. Il est ultramoderne et fonctionne très bien. Les billets se prennent à des distributeurs automatiques et les prix varient selon la distance et le nombre de stations.

Vous pourrez aussi prendre une taxi. Ils sont d’ailleurs les plus propres et leurs chauffeurs les plus polis du monde. Même s’ils ne parlent pas toujours l'anglais, on parvient à s’expliquer en leur montrant la carte de visite en japonais de l’hôtel, ou en leur indiquant sur le plan de la ville (en japonais) le lieu précis où l’on se rend.
Si le voyant rouge situé dans le coin inférieur gauche du pare-brise est allumé, cela signifie que le taxi est libre et qu’il peut être appelé.

Enfin, le bateau pour relier les différentes îles et même pour aller à Taiwan et à Shanghai en Chine et très pratique. Les trajets sont souvent très longs mais les bateaux sont confortables. De Tokyo, les bateaux partent en majorité du port de Hamamatsucho.